A lo largo de su papado, Jorge Mario Bergoglio impulsó una imagen más cercana y humana de la Iglesia, pero también protagonizó decisiones que generaron fuertes críticas. En 2014, redujo las sanciones contra varios sacerdotes acusados de abusos sexuales, lo que fue interpretado como un retroceso frente a su promesa de tolerancia cero. Dos años después, en medio del brote del virus zika, causó revuelo al sugerir que el uso de anticonceptivos podía ser moralmente aceptable en ciertos casos, desatando incomodidad entre sectores conservadores.
También enfrentó una de sus mayores polémicas por su respaldo inicial al obispo chileno Juan Barros, acusado de encubrir los abusos del sacerdote Fernando Karadima. Francisco desestimó las denuncias, calificó de “calumnias” las acusaciones y llamó “tonta” a la comunidad de Osorno por protestar contra Barros. Aunque luego pidió perdón por sus palabras y terminó aceptando la renuncia del obispo, el episodio dejó una herida abierta en la relación con las víctimas.
Otras decisiones controvertidas incluyeron su actitud más abierta hacia las personas LGBT+, resumida en la frase “¿quién soy yo para juzgar?”, aunque sin modificar la postura oficial de la Iglesia sobre el matrimonio.
Además, causó molestia entre algunos católicos cuando abrió la posibilidad del perdón a mujeres que habían abortado, siempre y cuando se arrepintieron, en el marco del Año de la Misericordia. En cuanto al celibato, si bien no impulsó un cambio directo, apoyó el debate sobre permitir sacerdotes casados en regiones aisladas, como la Amazonía, generando fuertes reacciones entre los sectores más conservadores de la Iglesia.
Incluso sus posturas sobre temas políticos causaron ruido: criticó duramente el sistema capitalista, habló abiertamente de la necesidad de cuidar el medioambiente como una cuestión moral.